Virtuosoのインストール，RDFデータの準備ができたので，VirtuosoのGUI（Conductor）を利用したRDFデータのロード，SPARQLによる検索をしてみます。 VirtuosoにRDFデータをロードする まずはConductor（http://localhost:8890/conductor/）にアクセスします…

ある本を読んでいて，次の一節でふと，考えさせられた。 生物学がらみの知性とは，難解な生物学データを解説できる能力をさす，という誤解が広まってしまった。ジェイムスの読者の多くは，データが主役ではないことをわかっていなかった。主役は解釈なのだ。…

前のエントリーでVirtuosoのインストールについて書きました。VirtuosoをRDFストアとして使ってみるところまで書きたいのですが，その前にRDF形式のデータが必要です。そこで，このエントリーではCVS形式などのテーブルデータをGoogle RefineとRDF Extension…

Semantic WebだとかLinked Dataだとか，いろいろなとこから公開されているデータを自分のPC上で組み合わせることで新たな価値を創出する，そんな時代になりつつあります。しかしそのためには，それを容易にする基盤が必要です。というわけで，RDFストアとし…

αヘリックスが目立つタンパク質を表示する場合，詳細よりも全体像を把握するためにヘリックスをざっくりとした筒（シリンダー）で表示するとすっきりすることがあります。このシリンダー表示をPyMOLで行う方法です。 PyMOL>set cartoon_cylindrical_helices,…

PyMOLでタンパク質を虹色に塗る場合には，マウスだと「C」メニューから「spectrum > rainbow」と選びますが，これをコマンドでやる方法などについてです。 このタンパク質（↓）を例に見ていきましょう。紫色の球はイオンです。 [,w120] 基礎編 虹色にする場…

MeCabをインストールしたのでそのメモです。MeCabの公式サイトと『Pythonによる日本語自然言語処理』を参考にさせていただきました。OSはMac OS 10.6です。 MeCabのインストール（mecab-0.98） $ ./configure --with-charset=utf8 $ make $ sudo make instal…

ファイル名の一部に現在時刻を入れたくなることがあるので，Pythonでそれをやるときのメモ。 >>> from datetime import datetime >>> basename = datetime.now().strftime("%Y%m%d-%H%M%S") >>> basename '20110420-131622'

先日，『君たちに明日はない』および続編の『借金取りの王子』（垣根涼介）を読みました。ふだん小説はぜんぜん読まないのですが，ある日ふらっと本屋に行ったときにポップにひかれて手にとって，チラッと読んだら面白そうだったので，つい買ってしまいまし…

「いやあ，久々ですね。」 って，打つときはいいのですが，「々」だけを入力したいときがあるじゃないですか。これにいつも困っていたわけです。だいたい，「ひさびさ」とか「うんぬん」とかって打ってから前の１文字を消していました。 この漢字は，「くり…

先日，共同研究者から学会発表用のポスター原案が送られてきました。驚いたことに，それがPowerPointで作られていたのです。今まで自分は，ポスターはお絵かきソフト（llustratorとか，CANVASとか）で作るものと思っていたので，衝撃的でした。で，そんな話…