Mac OS X 10.11（El Capitan）をクリーン・インストールしてから最初に行った設定など。 システム環境設定...（System Preferences...） Spotlight 「Spotlight」→「キーボードショートカット...（Keyboard Shortcuts...）」ボタン→「Spotlight検索を表示（S…
第34回医療情報学連合大会（JCMI34）に詳細抄録を投稿しようとしているのだが，Mac OS 10.9で「その他OS用（Mac OS X 10.7以降を含む）」の投稿ツールが起動しない。すなわち，私は詳細抄録が投稿できない。 問い合わせたところ，次のコマンドで起動できると…
Mac OS 10.9（Mavericks）をクリーン・インストールしてから最初に行った設定など。 システム環境設定（System Preferences...） Spotlight 「Spotlight」→「Spotlightメニューのキーボードショートカット（Spotlight menu keyboard shortcut）」と「Spotlig…
※ バンクの名称や運営組織はWebサイトの情報を元に書いており，それぞれの運営組織へ確認を取っているわけではありません。そのため，下記の内容には誤りが含まれていると思われます。ご注意ください。 ※ 間違いを見つけられた方や，抜けているものをご存じ…
Webページにメタデータを埋め込むための規格はいくつかあります（microformats，RDFa，microdata，…）。このエントリーでは，Web上もしくはローカルにあるHTMLファイルからmicrodataを抽出してJSON形式で出力する，ということをローカルマシンでJavaScriptに…
Virtuosoのインストール，RDFデータの準備ができたので，VirtuosoのGUI（Conductor）を利用したRDFデータのロード，SPARQLによる検索をしてみます。 VirtuosoにRDFデータをロードする まずはConductor（http://localhost:8890/conductor/）にアクセスします…
ある本を読んでいて，次の一節でふと，考えさせられた。 生物学がらみの知性とは，難解な生物学データを解説できる能力をさす，という誤解が広まってしまった。ジェイムスの読者の多くは，データが主役ではないことをわかっていなかった。主役は解釈なのだ。…
前のエントリーでVirtuosoのインストールについて書きました。VirtuosoをRDFストアとして使ってみるところまで書きたいのですが，その前にRDF形式のデータが必要です。そこで，このエントリーではCVS形式などのテーブルデータをGoogle RefineとRDF Extension…
Semantic WebだとかLinked Dataだとか，いろいろなとこから公開されているデータを自分のPC上で組み合わせることで新たな価値を創出する，そんな時代になりつつあります。しかしそのためには，それを容易にする基盤が必要です。というわけで，RDFストアとし…
αヘリックスが目立つタンパク質を表示する場合，詳細よりも全体像を把握するためにヘリックスをざっくりとした筒（シリンダー）で表示するとすっきりすることがあります。このシリンダー表示をPyMOLで行う方法です。 PyMOL>set cartoon_cylindrical_helices,…
PyMOLでタンパク質を虹色に塗る場合には，マウスだと「C」メニューから「spectrum > rainbow」と選びますが，これをコマンドでやる方法などについてです。 このタンパク質（↓）を例に見ていきましょう。紫色の球はイオンです。 [,w120] 基礎編 虹色にする場…
MeCabをインストールしたのでそのメモです。MeCabの公式サイトと『Pythonによる日本語自然言語処理』を参考にさせていただきました。OSはMac OS 10.6です。 MeCabのインストール（mecab-0.98） $ ./configure --with-charset=utf8 $ make $ sudo make instal…
ファイル名の一部に現在時刻を入れたくなることがあるので，Pythonでそれをやるときのメモ。 >>> from datetime import datetime >>> basename = datetime.now().strftime("%Y%m%d-%H%M%S") >>> basename '20110420-131622'
先日，『君たちに明日はない』および続編の『借金取りの王子』（垣根涼介）を読みました。ふだん小説はぜんぜん読まないのですが，ある日ふらっと本屋に行ったときにポップにひかれて手にとって，チラッと読んだら面白そうだったので，つい買ってしまいまし…
「いやあ，久々ですね。」 って，打つときはいいのですが，「々」だけを入力したいときがあるじゃないですか。これにいつも困っていたわけです。だいたい，「ひさびさ」とか「うんぬん」とかって打ってから前の１文字を消していました。 この漢字は，「くり…
先日，共同研究者から学会発表用のポスター原案が送られてきました。驚いたことに，それがPowerPointで作られていたのです。今まで自分は，ポスターはお絵かきソフト（llustratorとか，CANVASとか）で作るものと思っていたので，衝撃的でした。で，そんな話…
全２回でお送りしています。第１回の［酒田編］はこちら↓ 庄内平野で過ごすグルメな夏休み［酒田編］ - 週末京都 さて，第２回は［鶴岡編］です。鶴岡と言えば，アカデミアの人間にとっては慶應大学があるところ，でしょうか。これといって特に何もないとこ…
夏休みの過ごし方。一昨年は「究極の離島・青ヶ島」で，去年は「東京→大阪を自転車で走る旅」でした。さて，今年はどうするか，とな。今年も離島へ行こうかと思って関西の面白そうな離島を調べていたのですが，残念なことに夏休み後にはいくつかの〆切が控え…
以前トラックパッド（タッチパッド）を数年間使っていたことがあり，いつだったかそのことについてアツく語りました（タッチパッド - 週末京都）。あの時に言いたかったことは，「マルチジェスチャが使えて滑りのいいトラックパッドが欲しい！」です。 で，…
年が明けてからずっと忙しかったので京都には行けていなかったのですが，そう言えば半年くらい前にお花見に行ったなぁって思い出したので，今さらですが書きます。 花見のシーズンに入った頃に職場のインド人たちが「花見したいんだけど」って言うので計画を…
ビミョーなタイトルになってしまいましたが，何かしらの言語を使っていればすんなりわかって頂けるかと。ここでは，bashでこれをどう書くか，という話です。 bashでは，配列に変数を入れておいて，これを「@」でスペース区切りに展開することで実現します*1…
シェルスクリプトの中で，そのシェルスクリプトが置かれているディレクトリ名が知りたい，と思いました（絶対パスで）。Pythonでいうところの， import os os.path.abspath(os.path.dirname(__file__)) です。 これをシェルでやるには，そのファイルのあると…
ボスから来たメールの最後に，「Are you around?」って書いてあった（実際はもうちょっと長い文章で）。何だって！？ 回ってる！？ いつもより多めに！？ 単語は知ってるのに，こんなに短い文章の意味がわからん！ 助けてアルク！ Are you around? （そこに…
論文を読んでいたら，一番最初の文に「an homologous ...」という表現があり，「へっ，いきなり誤字だぜ。」って思いました。この場合，冠詞は「a」でしょうよ。 しかしなぜかふと気になったのでググってみると，次のような結果に。 a homologous 約 377,000…
世界で初めて自動改札機が導入された駅に行ってきました（万博前の1967年！）。行ってきたというか，自転車で散歩（？）するついでに寄ってきました。ちなみに大阪です。 [,w240] きっと記念碑があるに違いないと思ってキョロキョロしてたのですが，見当たら…
PyMOLを作っていたWarren L. DeLano氏が亡くなりました。もう２ヶ月くらい前のことなのですが，あまり日本語で情報が出ていないようなのでここに書かせていただきます。 [,w120] PyMOLはタンパク質や化合物の三次元構造を表示するためのソフトウェアで，構造…
この数年，学生の指導をする機会が多くなってきました。そんなときにふと思うことを書きたいと思います。 １つは，自分が思っていることを正確に伝えることは難しいということです。最近何度も同じようなことを書いている気がしますが。 [,w320] あれやっと…
知り合いから「漫画の主人公になりました！」との報告を頂いたので，早速その漫画が載っている雑誌を買いに行きました。 [,h320] おお，なんてこった。『ウーマン劇場 女の感動物語』ときたか。。表紙もずいぶんとファンシーですね。。 一瞬ひるみましたが，…
マウスの代わりにトラックボールを使っていると以前のエントリに書きましたが，その前の数年間はタッチパッド（Cirque Smart Cat）を愛用していました。４年間くらいでしょうか。 [,w320] しかしまあ何というか，指の滑りが悪くて認識もイマイチなために指１…
これまで，理想のポインティング・デバイスを求めて旅をしてきました。ボリュームコントローラーみたいなデバイス（PowerMate），レーザー・センサー・マウス，タッチパッド，トラックボール。あと何だったかな。 ちなみに自分にとって理想的なポインティン…
