絶対パスを取得

Python

Pythonで絶対パスを取得するには，「os.path.abspath」を使う。

os.path.abspath(path)

Return a normalized absolutized version of the pathname path. On most platforms, this is equivalent to normpath(join(os.getcwd(), path)).

os.path — Common pathname manipulations — Python 3.7.3 documentation


例：標準入力から取得したファイル名を絶対パスに変換する。

import getopt
import os

def main(argv):
    for opt, arg in opts:
        if opt in ("-i", "--input"):
            pdb_file, chainid = arg.split(',')
            pdb_file = os.path.abspath(pdb_file)


なお，入力は次のようになると想定しています。

$ ./example.py -i ./sample/3bji.pdb,A